雖然患有心臟方面的疾病，但是少年翔（神木隆之介配音）的父母依然對(duì)他疏于呵護(hù)。為了準(zhǔn)備即將到來(lái)的手術(shù)，翔來(lái)到了位于偏遠(yuǎn)鄉(xiāng)間的姨婆（竹下景子配音）家靜養(yǎng)。姨婆家位于一片幽靜的叢林中，這是一幢有著上百年歷史的歐式別墅。這里除了生活著姨婆和女傭阿春（樹木希林配音）外，還有一個(gè)奇特的三口之家，“借東西一族”——小人阿莉埃蒂（志田未來(lái)配音）和她的爸爸（三浦友和配音）媽媽（大竹忍配音），他們生活在別墅的地板下，只有幾公分高，過(guò)著不為人類察覺的生活。遇到所需的日常用品時(shí)，便會(huì)在夜深人靜之時(shí)偷偷潛入廚房借出來(lái)。翔無(wú)意中瞥見
鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發(fā)出挑戰(zhàn)。這位壞脾氣的大叔斥巨資制造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號(hào)，并以鑲嵌有名貴寶石“天空的貴婦人”的戒指作賭注，邀請(qǐng)基德前來(lái)挑戰(zhàn)，看他能否在東京到大阪的這6小時(shí)時(shí)間內(nèi)完成這項(xiàng)困難的任務(wù)。柯南、小蘭等人理所當(dāng)然也接到邀請(qǐng)，甚至電視臺(tái)的人也興師動(dòng)眾前來(lái)。隨著時(shí)間的流逝，雙方的對(duì)決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅色暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國(guó)立東京微生物研究所，并盜走一種致命的病毒。本片根據(jù)青山剛昌的同名漫畫改編，是該動(dòng)畫的第14部劇場(chǎng)版。
距圣誕節(jié)僅有8天時(shí)間，SOS團(tuán)在涼宮春日的號(hào)召下，不出意料地策劃了一場(chǎng)圣誕狂歡派對(duì)。但就在12月18日這天早晨，阿虛卻發(fā)現(xiàn)周圍的世界有了些許變化。1年9班消失不見，朝比奈學(xué)姐視其形同路人，甚至早已死去的朝倉(cāng)也代替涼宮春日坐在了阿虛的后面，而春日則如同人間蒸發(fā)一般無(wú)人知曉。當(dāng)他沖向SOS團(tuán)的教室時(shí)，只看到了孤零零坐在角落里看書的長(zhǎng)門有希，一向淡定自若、冷如冰霜的長(zhǎng)門大神也變成了怯懦害羞的乖乖女。從前一日長(zhǎng)門留下的蛛絲馬跡中，阿虛判斷出這個(gè)世界似乎被某人重組了一番。此時(shí)的阿虛，握有連接兩個(gè)絕然不同世界的鑰匙，