2062年，為了軌道電梯的所有權，地球分為兩大陣營而互相爭奪；主角桂木桂隸屬的自由宇宙軍，計劃以新研發的D兵器“時空震動彈”破壞軌道電梯的能源供應，但是行動遭遇到敵對陣營的猛烈炮火而不得不撤退，危急中怒火中燒的桂木桂，啟動了尚未調整好的時空震動彈，結果引發了始料未及的時空混亂，造成多元世界同時出現互相混合，并形成了“相克界”，桂木桂也因此被卷入震波而時空轉移，來到了事件發生的20年后的混亂時空世紀2080s電影。桂木桂被埃曼人（エマーン）的商隊尋獲并一同行動，但是桂木桂卻由于身為修復混亂時空的關鍵“特異點”，因而成為各勢力爭奪的目標；在不斷戰斗與尋求解決之道的同時，桂木桂官校的同窗歐森竟然出現在眼前，并且與他兵戎相見；甚至還見到了自己未來的女兒雅典娜。桂木桂最終將面對新舊交雜的世界，并試圖修復時空混亂的局面。而桂木桂終于發現，要想讓時空回歸正軌的最后手段，竟是得前往當初時空震動彈啟動前那一刻的時空中，并殺死當時的自己………